Ubicado en una plazuela esquinera, el Templo de San Francisco de Asís posee altares
barrocos y algunos
rococó, varios mal conservados y hasta pintados de oscuro. Tal no es el caso del hermoso altar mayor, barroco, labrado y dorado, cuyo centro lo ocupa la Virgen del Carmelo, estando en el primer cuerpo San Francisco de Asís y santo Domingo de Guzmán y, en el segundo, San Buenaventura y santo Tomás de Villanueva, Todos en viejas tallas de madera policromada.
Sin embargo, los retablos más valiosos son los del crucero, por ser magníficos ejemplos de altares panelados. En el ala de la Epístola el altar está dedicado a la vida de la Virgen, con tablas labradas y policromadas del Nacimiento, Presentación, Anunciación y Visitación, culminando con una última de la Asunción. El altar del lado del Evangelio representa la Pasión de Cristo, empieza por la Última Cena y continúa con escenas de Jesús ante Caifás, la Flagelación, la Coronación de Espinas y la Subida al monte Calvario. Tales tablas, en muy buen estado de conservación, son de excepcional valor, poco conocidas, únicas en Trujillo y de lo mejor de su género en el Perú.
Las puertas que llevan a las sacristías son cuatro, todas muy antiguas, añadiéndose en las dos que dan a la iglesia labras de ánforas y follaje. Como reliquia del tlempo viejo está el púlpito de san Francisco Solano. Representa a la imagen del santo, con su violín en la mano izquierda, predicando desde una cátedra de tres caras, resto de un púlpito desde el cual predicó el santo franciscano en Trujillo. No existe otro púlpito en la iglesia, porque el último -que era barroco y dorado- lo destruyó el terremoto de 1970.
